在第二季中，新任神盾局局长Coulson和他的团队成了“通缉犯”，HYDRA组织仍在追杀他们，而且能够调动的资源已经非常有限，但那不会阻止他们继续为世界的和平与安全而战——毕竟已知的和未知的威胁仍然无处不在。本季将解答许多第一季遗留的问题，包括：神盾局小组抓住了Ward，那意味着什么？Coul son和May之间的信任危机到底有何渊源？Coulson和May要如何修补他们之间的关系？Skye的父亲是谁，她的体内是否蕴藏着黑暗的力量？Coulson午夜在墙壁上雕刻的是什么符号，那对他来说意味着什么？处在昏迷状态中的Fitz何时能苏醒过来？即便他苏醒过来，他的大脑功能是否能完全恢复正常等等。