《尼基塔》第三季讲述从小就缺少父爱、年少不羁的尼基塔和朋友们因为在抢劫一间店铺时失手杀死闻讯而来的警察，被以杀人罪送到了女子监狱。后来，Nikita被一个代号为“Division”的美国秘密政府组织从死囚牢房中营救出来。这个组织伪造了Nikita的死亡证明，并告诉她被赋予机会开始新的生活，并效忠自己的国家。而Nikita有所不知：她正在被训练成一名间谍和刺客。